Strukture der fäkalen Microbiota von Säugetieren und Vögeln als Basis für mikrobielle Verursacheridentifikation

01.01.2010 - 31.12.2012
Stipendium
Weltweit sind Wasserressourcen starken Beeinträchtigungen durch fäkale Verunreinigungen ausgesetzt. So haben im Moment mehr als 1,1 Milliarden Menschen keinen Zugang zu sicherem Trinkwasser. Die Untersuchung der mikrobiologischen Wasserqualität basiert seit über einem Jahrhundert auf der Kultivierung von Fäkalindikatoren. Die zunehmende Notwendigkeit die Herkunft, die Natur und das Ausmaß fäkaler Kontamination genau zu bestimmen führte in den letzten Jahren zur Entwicklung von Methoden der Herkunftsbestimmung (microbial faecal source tracking, MST) mit denen es im Gegensatz zu klassischen Indikatoren möglich ist die Verursacher des Eintrages zu identifizieren. Genetische Marker für den Nachweis verursacherspezifischer Bakterien des Phylums Bacteroidetes gelten momentan in diesem Feld als vielversprechender Ansatz. Die Definition dieser Marker fußt allerdings auf einer unzureichenden Menge an DNA-Sequenzinformation was dazu führt, dass sie oft nicht ausreichend spezifisch für ihre Zielgruppen sind und für viele solche Gruppen (z.B. Vögel) noch gar keine Marker definiert werden konnten. Ziel dieses Projektes ist es die qualitative und quantitative Zusammensetzung der fäkalen, bakteriellen Gemeinschaft von Säugetieren und Vögeln zu bestimmen. Die Auswahl der zu beprobenden Wirtstierarten richtet sich dabei an der Hypothese aus, dass die Coevolution des Wirtes und der intestinalen Gemeinschaft der Haupteinflussfaktor für die Zusammensetzung der Gemeinschaften ist. Demzufolge werden alle in Österreich zugänglichen Ordnungen der Mammalia und Avia in der Untersuchung enthalten sein um einen breiten phylogenetischen Fokus zu wahren. Zusätzlich werden auch weitere potentielle Einflussfaktoren (Ernährung, Lebensraum, Domestizierung) sowie die Bedeutung einzelner Tierarten als Quelle fäkaler Verunreinigung im Rahmen der Probenauswahl Berücksichtigung finden. Nach Extraktion der DNA aus den ca. 200 zu untersuchenden Proben und der PCR-Amplifikation eines Teils des 16S rRNA Gens der Bakteriengemeinschaft werden diese einer Sequenzbestimmung mittels 454 Pyrosequenzierung zugeführt. Die damit gewonnen 4 Millionen partiellen 16S rRNA Gensequenzen aus 200 Gemeinschaften werden in einer Datenbank auf ihre α-Diversität, Phylotypabundanz, -frequenz und ¿reichtum geprüft. Um die Rolle der Coevolution und anderer Faktoren, die zur Ausbildung distinkter fäkaler Gemeinschaften beigetragen haben könnten, zu bestimmen, werden die Sequenzdatensätze einer vergleichenden Analyse der divergenz-basierenden ß-Diversität mittels UniFrac Metrik unterzogen werden. Die erstellte Datenbank und deren Analyse wird die Identifikation von Phylotypen oder ganzer Äste von Phylotypen erlauben die spezifisch für Gruppen von Wirtstieren sind. Weiters ist die Definition von Markern auf verschiedenen Wirts-Spezifitätsniveaus möglich, z.B. allgemeiner Fäkalmarker ¿ Mammalia- Artiodactyla ¿ Ruminantia ¿ Bovidae ¿ Bovinae. Auf diese Weise schafft die eingereichte Studie eine solide Basis für die Formulierung von zukünftigen MST-Markern. Diese Basis ist darüber hinaus dazu geeignet, mittels Sequenzinformation aus anderen Regionen oder von anderen Wirtstieren erweitert zu werden.

Personen

Projektleiter_in

Institut

Förderungmittel

  • Österr. Akademie der Wissenschaften (National) Österreichische Akademie der Wissenschaften (ÖAW)

Forschungsschwerpunkte

  • Environmental Monitoring and Climate Adaptation: 50%
  • Efficient Utilisation of Material Resources: 50%

Schlagwörter

DeutschEnglisch
fäkale Verunreinigungfaecal pollution
genetische Markergenetic markers
intestinale mikrobielle Gemeinschaftenintestinal microbiota
Verursacheridentifizierungmicrobial faecal source tracking
WasserqualitätWater Quality

Externe Partner_innen

  • Forschungsinstitut für Wildtierkunde und Ökologie Veterinärmedizinische Universität Wien
  • Department of Chemistry and Biochemistry, University of Colorado at Boulder,
  • Cornell University Department of Microbiology Ithaca, NY

Publikationen